気象データからトランスクリプトームを予測するパッケージ
FIT: Transcriptomic Dynamics Models in Field Conditions
が CRAN 上で公開されました。
こちらからダウンロードできるほか、R の”install.packages()”コマンドを使ってもインストールできます。
詳細はマニュアル等ドキュメントをご覧ください。
2016/9/12 追記
Windows 上でインストールする際は、以下のように”–no-multiarch”オプションを付けてください。
install.packages(“FIT”, INSTALL_opts = “–no-multiarch”)
Charles UniversityのKarol Marholdさんらとの共同研究の論文が出版されました。
Kolar F, Fuxova G, Zaveska E, Nagano AJ, Hyklova L, Lucanova M, Kudoh H, Marhold K (2016) Northern glacial refugia and altitudinal niche divergence shape genome-wide differentiation in the emerging plant model Arabidopsis arenosa., Molecular Ecology, in press.
畜産草地研究所の玉置さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Tamaki H, Mitsuhashi S, Kudoh H, Nagano AJ and Yasugi M (2016) Genome wide Molecular Polymorphisms among Maize (Zea mays L.) Inbred Lines Found from Restriction-Associated DNA Tag Sequencing (RAD-Seq) Analysis as a Preliminary Study on “Genomewide Selection” for Breeding by Japanese Public Sectors., Bulletin of NARO Institute of Livestock and Grassland Science, 16: 1-9.
北海道大学の薦田さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Hagiwara-Komoda Y, Choi SH, Sato M, Atsumi G, Abe J, Fukuda J, Honjo MN, Nagano AJ, Komoda K, Nakahara KS, Uyeda I, Naito S (2016) Truncated yet functional viral protein produced via RNA polymerase slippage implies underestimated coding capacity of RNA viruses., Scientific Reports, in press.
大阪府立大学の東さん、福田さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Higashi T, Tanigaki Y, Takayama K, Nagano AJ, Honjo MN and Fukuda H (2016) Detection of diurnal variation of tomato transcriptome through the molecular timetable method in a sunlight-type plant factory., Frontiers in Plant Science, in press.
大阪府立大学の谷垣さん、福田さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Tanigaki Y, Higashi T, Takayama K, Nagano AJ and Fukuda H (2015) Transcriptome analysis of plant hormone-related tomato (Solanum lycopersicum) genes in a sunlight-type plant factory., PLoS ONE, 10(12): e0143412.
神戸大学の川村さん、藤本さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Kawamura K, Kawanabe T, Shimizu M, Nagano AJ, Saeki N, Okazaki K, Kaji M, Dennis ES, Osabe K and Fujimoto R (2016) Genetic distance of inbred lines of Chinese cabbage and its relationship to heterosis., Plant Gene, 5: 1-7.
東京大学の阪口さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Sakaguchi S, Sugino T, Tsumura Y, Ito M, Crisp MD, Bowman DMJS, Nagano AJ, Honjo MN, Yasugi M, Kudoh H, Matsuki Y, Suyama Y and Isagi Y (2015) High-throughput linkage mapping of Australian white cypress pine (Callitris glaucophylla) and map transferability to related species., Tree Genetics & Genomes, in press
RAD-Seqを利用して、Callitris glaucophylla（オーストラリアの針葉樹）の連鎖地図作成などを行った論文です。
広島大学の粟津さん、平尾さんとの共同研究の論文が出版されました。
Hirao K, Nagano AJ, and Awazu A (2015) Noise-plasticity correlations of gene expression in the multicellular organism Arabidopsis thaliana., Journal of Theoretical Biology, in press
シロイヌナズナにおいて、遺伝子発現の揺らぎと刺激などに対する応答性に強い相関があることを示した研究です。