永野研研究員の古川さんと京大生態研の潮さんで進めていた環境DNAのEarly-pooling法論文が出版されました。https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/edn3.337
Fillable and Unfillable Gaps in Plant Transcriptome under Field and Controlled Environments
過去に在籍していた橋田さんが永野Labで行った研究がPlant, Cell & Environmentに掲載されました。
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pce.14367
分単位で温度および光の制御が可能な培養庫（Smart GC）を用いて、野外環境の温度の光の両方、温度だけ、光だけを分単位で再現して培養した場合と、両方とも日中および夜間の平均値の設定で培養した場合で、トランスクリプトームを比較しました
Drastic shift in flowering phenology of F1 hybrids causing rapid reproductive isolation in Imperata cylindrica in Japan
研究室メンバーの野村が博士課程で行ってきた研究がJournal of Ecologyに掲載されました。
https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1365-2745.13890
チガヤと呼ばれる雑草について、春に咲く2生態型間のF1雑種が秋に咲くようになることを明らかにしました。
第63回植物生理学会年会
2022年3月22〜24日にオンラインで開催された第63回日本植物生理学会年会にて、永野、前田、野村、冨田が以下の発表を行いました。
「シングルセル解析を用いたシロイヌナズナ葉のグルコシノレート関連細胞特異的遺伝子の探索」
前田太郎，菅野茂夫，白川一，近藤聡，永野惇
「コムギ NAM 集団および親系統のトランスクリプトーム解析」
野村康之，那須田周平，清水健太郎，永野惇
「A. thaliana の JA-SA 間相互作用のトランスクリプトーム地形から明らかになった濃度依存的な応答」
冨田敦幹，前田太郎，森山奈津美，野村康之，栗田悠子，鹿島誠，冨田勝，別役重之，永野惇
「組織破砕液からの直接逆転写 TargetedRNA-Seq（DeLTa-Seq）を用いた JA/SA 応答の温度依存性の解析」
鹿島誠，森山奈津美，野村康之，別役重之，永野惇
第53回種生物学シンポジウム
2021年12月3〜5日にオンラインで開催された第63回日本植物生理学会年会にて、永野、野村が以下の発表を行いました。
「Direct RT bufferを用いたコムギNAM集団の実生および葉のトランスクリプトーム解析」
野村康之, 那須田周平, 清水健太郎, 永野惇
第62回日本植物生理学会年会
2021年3月14〜16日にオンラインで開催された第62回日本植物生理学会年会にて、永野、栗田、野村、前田が以下の発表を行いました。
「種子からデータへ：シロイヌナズナ幼植物のハイスループットトランスクリプトミクスのためのボトルネックの解消」
永野 惇, 野村 康之, 森山（毛利） 奈津美, 栗田 悠子, 鹿島 誠, 別役 重之
「自作小型培養庫を用いた植物季節応答の再現」
栗田 悠子, 滝本 裕則, 神谷 麻梨, 橋田 庸一, 鹿島 誠, 手塚 あゆみ, 七夕 高也, 永野 惇
「ハクサンハタザオとシロイヌナズナの年間遺伝子発現パターンの比較」
野村 康之, 永野 惇
「深層学習によるイネの野外トランスクリプトームモデルの構築と他種への転移学習」
前田 太郎, 大久保 智司, 鹿島 誠, 京極 大助, 橋田 庸一, 田中 克, 森 直哉, 渡邊 博之, 安達 俊輔, 永野 惇
2020 年度 龍谷ＩＣＴ教育学長賞
第52回種生物学会シンポジウム
2020年12月4～6日にオンラインで開催された第52回種生物学会シンポジウムにて、野村が以下のポスター発表を行いました。
「年変動を再現した人工気象器内におけるシロイヌナズナの遺伝子発現パターンと生産果実数」
野村康之, 永野惇
日本植物学会第84回大会
2020年9月19～21日にオンラインで開催された日本植物学会第84回大会にて、栗田が以下の発表を行いました。
「ポプラ短縮周年系を用い た季節的なリン転流機構 の解明と野外 RNA-Seq との比較」
栗田 悠子，馬場 啓一，手塚 あゆみ，出口 亜由美，大西 美輪，石崎 公庸，深城 英弘， 三村 徹郎，永野 惇
Lasy-Seq: a high-throughput library preparation method for RNA-Seq and its application in the analysis of plant responses to fluctuating temperatures
多検体のRNA-Seqを低コストに行うためのライブラリ作製手法の論文が公開されました。
実験用の詳細なプロトコルやその更新版は、以下のページで順次公開予定です。