野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る

神谷さんらの総説論文が公開されました。

神谷 麻梨, 永野 惇, 本庄 三恵,  工藤 洋,「野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る」, (2017), BSJ-Review, 8A:12-21

日本植物学会第80回大会シンポジウム
「植物-微生物の見えない相互作用を観る:現在と未来」
をもとにした一連の総説の一部です。

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Heap: a highly sensitive and accurate SNP detection tool for low-coverage high-throughput sequencing data

明治大学の小林さんらとの共同研究の論文が公開されました。

Kobayashi M, Ohyanagi H, Takanashi H, Asano S, Kudo T, Kanegae H, Nagano AJ, Tainaka H, Tokunaga T, Sazuka T, Iwata H, Tsutsumi N, Yano K (2017) Heap: a highly sensitive and accurate SNP detection tool for low-coverage high-throughput sequencing data. DNA Research, dsx012

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Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil

基礎生物学研究所の星野敦さんらとの共同研究の論文が出版されました。

Hoshino A, Jayakumar V, Nitasaka E, Toyoda A, Noguchi H, Itoh T, Shin-I T, Minakuchi Y, Koda Y, Nagano AJ, Yasugi M, Honjo M, Kudoh H, Seki M, Kamiya A, Shiraki T, Carninci P, Asamizu E, Nishide H, Tanaka S, Park KI, Morita Y, Yokoyama K, Uchiyama I, Tanaka Y, Tabata S, Shinozaki K, Hayashizaki Y, Kohara Y, Suzuki Y, Sugano S, Fujiyama A, Iida S, Sakakibara Y (2016) Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil., Nature Communications, 7, 13295

アサガオのゲノム解読の論文です。詳しくは、基礎生物学研究所のプレスリリースをご覧ください。

朝日新聞、読売新聞、中日新聞、東海愛知新聞(すべて2016年11月9日)などで報道されました。

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R パッケージ FIT: Transcriptomic Dynamics Models in Field Conditions

気象データからトランスクリプトームを予測するパッケージ
FIT: Transcriptomic Dynamics Models in Field Conditions
が CRAN 上で公開されました。

こちらからダウンロードできるほか、R の”install.packages()”コマンドを使ってもインストールできます。
詳細はマニュアル等ドキュメントをご覧ください。

2016/9/12 追記
Windows 上でインストールする際は、以下のように”–no-multiarch”オプションを付けてください。

install.packages(“FIT”, INSTALL_opts = “–no-multiarch”)

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Northern glacial refugia and altitudinal niche divergence shape genome-wide differentiation in the emerging plant model Arabidopsis arenosa

Charles UniversityのKarol Marholdさんらとの共同研究の論文が出版されました。

Kolar F, Fuxova G, Zaveska E, Nagano AJ, Hyklova L, Lucanova M, Kudoh H, Marhold K (2016) Northern glacial refugia and altitudinal niche divergence shape genome-wide differentiation in the emerging plant model Arabidopsis arenosa., Molecular Ecology, in press.

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