昨年リリースしたRパッケージFITについての論文が公開されました。
Iwayama K, Aisaka Y, Kutsuna N, Nagano AJ (2017) FIT: Statistical modeling tool for transcriptome dynamics under fluctuating field conditions., Bioinformatics, in press
昨年リリースしたRパッケージFITについての論文が公開されました。
Iwayama K, Aisaka Y, Kutsuna N, Nagano AJ (2017) FIT: Statistical modeling tool for transcriptome dynamics under fluctuating field conditions., Bioinformatics, in press
佐賀大学の永野幸生さんらとの共同研究の論文が公開されました。
Penjor T, Mimura T, Kotoda N, Matsumoto R, Nagano AJ, Honjo MN, Kudoh H, Yamamoto M, Nagano Y (2016) RAD-Seq analysis of typical and minor Citrus accessions, including Bhutanese varieties., Breeding Science, in press
ブータンの柑橘類に関する研究です。
基礎生物学研究所の星野敦さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Hoshino A, Jayakumar V, Nitasaka E, Toyoda A, Noguchi H, Itoh T, Shin-I T, Minakuchi Y, Koda Y, Nagano AJ, Yasugi M, Honjo M, Kudoh H, Seki M, Kamiya A, Shiraki T, Carninci P, Asamizu E, Nishide H, Tanaka S, Park KI, Morita Y, Yokoyama K, Uchiyama I, Tanaka Y, Tabata S, Shinozaki K, Hayashizaki Y, Kohara Y, Suzuki Y, Sugano S, Fujiyama A, Iida S, Sakakibara Y (2016) Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil., Nature Communications, 7, 13295
アサガオのゲノム解読の論文です。詳しくは、基礎生物学研究所のプレスリリースをご覧ください。
朝日新聞、読売新聞、中日新聞、東海愛知新聞(すべて2016年11月9日)などで報道されました。
神谷麻梨さんの論文が公開されました。
Kamitani M, Nagano AJ, Honjo MN, Kudoh H (2016) RNA-Seq reveals virus-virus and virus-plant interactions in nature., FEMS Microbiology Ecology, in press.
気象データからトランスクリプトームを予測するパッケージ
FIT: Transcriptomic Dynamics Models in Field Conditions
が CRAN 上で公開されました。
こちらからダウンロードできるほか、R の”install.packages()”コマンドを使ってもインストールできます。
詳細はマニュアル等ドキュメントをご覧ください。
2016/9/12 追記
Windows 上でインストールする際は、以下のように”–no-multiarch”オプションを付けてください。
install.packages(“FIT”, INSTALL_opts = “–no-multiarch”)
Charles UniversityのKarol Marholdさんらとの共同研究の論文が出版されました。
Kolar F, Fuxova G, Zaveska E, Nagano AJ, Hyklova L, Lucanova M, Kudoh H, Marhold K (2016) Northern glacial refugia and altitudinal niche divergence shape genome-wide differentiation in the emerging plant model Arabidopsis arenosa., Molecular Ecology, in press.
畜産草地研究所の玉置さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Tamaki H, Mitsuhashi S, Kudoh H, Nagano AJ and Yasugi M (2016) Genome wide Molecular Polymorphisms among Maize (Zea mays L.) Inbred Lines Found from Restriction-Associated DNA Tag Sequencing (RAD-Seq) Analysis as a Preliminary Study on “Genomewide Selection” for Breeding by Japanese Public Sectors., Bulletin of NARO Institute of Livestock and Grassland Science, 16: 1-9.
北海道大学の薦田さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Hagiwara-Komoda Y, Choi SH, Sato M, Atsumi G, Abe J, Fukuda J, Honjo MN, Nagano AJ, Komoda K, Nakahara KS, Uyeda I, Naito S (2016) Truncated yet functional viral protein produced via RNA polymerase slippage implies underestimated coding capacity of RNA viruses., Scientific Reports, in press.
大阪府立大学の東さん、福田さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Higashi T, Tanigaki Y, Takayama K, Nagano AJ, Honjo MN and Fukuda H (2016) Detection of diurnal variation of tomato transcriptome through the molecular timetable method in a sunlight-type plant factory., Frontiers in Plant Science, in press.
大阪府立大学の谷垣さん、福田さんらとの共同研究の論文が出版されました。
Tanigaki Y, Higashi T, Takayama K, Nagano AJ and Fukuda H (2015) Transcriptome analysis of plant hormone-related tomato (Solanum lycopersicum) genes in a sunlight-type plant factory., PLoS ONE, 10(12): e0143412.